Magdalena fué fundada a finales del siglo XVII por el alférez Juan Bautista Escalante; el misionero Eusebio Francisco Kino repobló la misión de Santa María Magdalena posterior a la destrucción ocasionada por los naturales de la región y los apaches unos años después dentro del mismo siglo. Este municipio de Magdalena es el lugar donde este noble misionero y civilizador de Sonora murió y se encuentra sepultado.
Magdalena ha sido cuna de personajes ilustres como el malogrado candidato a la Presidencia de la República Luis Donaldo Colosio Murrieta; Sergio “Kalimán” Robles, beisbolista de talla internacional, jugador de grandes ligas y la Dra. Alicia Arellano Tapia, primera mujer Senadora de la República y quien siendo Presidenta Municipal de Magdalena, propició el encuentro de los presidentes de México y Estados Unidos, Luis Echeverría Álvarez y Gerald Ford, respectivamente en esta población.
Magdalena fue cabecera de distrito durante la segunda mitad del siglo XIX. Le fué otorgado el título de ciudad por decreto el 1º de Octubre de 1923. Durante el gobierno de Luis Encinas (1961–1966) cambió su denominación por Magdalena de Kino.
El municipio de Magdalena está ubicado al norte del Estado de Sonora, su cabecera es la población de Magdalena de Kino y se encuentra en el paralelo 30º 37’ 37’’ de latitud norte y el meridiano 110º 58’ 03’’ de longitud al oeste de Greenwich, con una altura de 760 metros sobre el nivel del mar. Colinda al norte con Nogales, al este con Imuris, al sureste con Cucurpe, al sur con Santa Ana y al oeste con Tubutama y Sáric.
El municipio posee una superficie de 1460.23 kilómetros cuadrados que representa el 0.79 por ciento estatal y el 0.08 por ciento en relación a la superficie nacional. Las localidades rurales más importantes son: San Ignacio, El Tacícuri, San Lorenzo y La Cebolla.
